思路
需要实现准备一份未受感染的源代码和一份可能受感染的源代码，然后运行以下脚本，就能找出到底哪些文件被挂马了。
其中，主要是根据比对2份文件的md5值来过滤可能被挂马的文件（确切的说应该是被修改过的文件）
python脚本
复制代码 代码如下:
__author__ = 'flying'
#coding:utf-8
#date:2014.6.5
#检测修改过的文件
import os,sys,hashlib,datetime
global_dirold =
global_dirnew =
global_fileslist = []
#输入要比对的文件路径
def inputdirpath():
    global global_dirold,global_dirnew
    global_dirold = unicode(raw_input(请输入备份文件所在目录：),utf-8)
    while not os.path.exists(global_dirold):
        print  u指定的路径不存在，请重新输入
        global_dirold = unicode(raw_input(请输入备份文件所在目录：),utf-8)
    global_dirnew = unicode(raw_input(请输入要检测文件的目录：),utf-8)
    while not os.path.exists(global_dirnew):
        print  u指定的路径不存在，请重新输入
        global_dirnew = unicode(raw_input(请输入要检测文件的目录：),utf-8)#将数据保存到文件中
def savetofile(filepath,content):
    try:
        f = open(filepath,a+)
        f.write(content.encode(utf-8) + \n)
        f.close()
    except exception,ex:
        print error: + str(ex)
#计算文件的md5值
def calcmd5(filepath):
    try:
        #以二进制的形式打开
        with open(filepath,'rb') as f:
            md5obj = hashlib.md5()
            md5obj.update(f.read())
            hash = md5obj.hexdigest()
            return hash
    except exception,ex:
        print error: + str(ex)
        return none
#遍历目录下的所有文件
def getallsubfiles():
    global global_fileslist
    for dir in os.walk(global_dirnew):
        for file in dir[2]:
            filepath = dir[0] + os.sep + file
            global_fileslist.append(filepath[len(global_dirnew)+1:])
#列出新增文件和变动的文件
def listchangedfiles():
    global global_dirold,global_dirnew,global_fileslist
    print u变动或新增的文件：
    for file in global_fileslist:
        filepathold = global_dirold + os.sep + file
        filepathnew = global_dirnew + os.sep + file
        if not os.path.exists(filepathold) or calcmd5(filepathold)!=calcmd5(filepathnew):
            content = [ + datetime.datetime.now().strftime('%y-%m-%d %h:%m:%s')+ ] + filepathnew
            print content
            savetofile(changedfiles.txt,content)
if __name__==__main__:
    inputdirpath()
    getallsubfiles()
    listchangedfiles()
脚本执行结果